OSSY Channel
#構造最適化 #分子軌道 #HOMO-LUMO #GAMESS
このチャンネルは有機化学演習問題を量子化学計算の立場から解き,有機分子の構造,反応および物性を可視化します.基礎有機化学を履修された方の補助的学習内容です.
私は古希を越えた元有機合成屋で量子化学計算は素人ですが,分子軌道から反応を眺めてみたい欲求から本チャンネル作成となりました.
市販の化学構造式エディタ(ChemDrawなど)は所有していないため,フリーのSkatchEIで構造式を作成しています.使用したソフトウエアは次の通りです.
・量子化学計算:GAMESS
・GAMESS計算のための入力ファイル作成:Molby (https://toshinagata.github.io/Molby/ja/index.html)
Toshi Nagata, "Molby - Graphical Molecular Modeling Software with Integrated Ruby Interpreter,"
Bull. Chem. Soc. Jpn. 2014, 87, 902-904. DOI:10.1246/bcsj.20140093
・GAMESS計算結果の分子表示やHOMOLUMO表示:Molby, Jmol, MacMolPlt
補足:GAMESSにおける構造最適化計算において,特に記載がなければ6-31G/B3LYPのモードで計算実行しています.