Sanbomics
Bioinformatics tutorials with a focus on next-generation sequencing analysis. Topics cover RNAseq, single-cell RNAseq, linux/shell usage, python, R, phylogenetics, alignments, and more. I am a PhD student with over 12 years of programing experience and 7 years of genomics, sequencing, and bioinformatics experience. I have multiple peer reviewed scientific publications as first author.
Twitter: @Sanbomics
Threads: @Sanbomics
blueksy: @sanbomics.bsky.social
Analyzing cellular senescence in transcriptomics data with senePy
Single-cell iterative preprocessing. Don't throw away real cells!
2024 updated single-cell guide - Part 2: RNA Integration and annotation
2024 updated single-cell guide - Part 1: RNA preprocessing and quality control
Single-cell pseudotime and gene regulatory analysis with CellOracle
Processing single-cell RNAseq counts with simpleaf (alevin-fry)
RNAseq mapping with Salmon for differential expression
Pseudobulk single-cell analysis in Python with Scanpy and pyDeseq2
Дифференциальное выражение в Python с помощью pyDESeq2
Фоновая дезактивация отдельных клеток в R и Python с помощью SoupX
Can chatGPT do single-cell bioinformatic analysis?
Comparing single-cell RNA integration methods | Which is the best?
Single-cell trajectory and pseudotime analysis with Monocle3 and Seurat in R
Простой график вулкана с помощью РНК-секвенирования с помощью одной строки кода
Applying random forest classifiers to single-cell RNAseq data
Введение в анализ данных ATAC отдельных ячеек в R
Complete single-cell RNAseq analysis walkthrough | Advanced introduction
Введение в анализ данных пространственного секвенирования
Single-cell gene co-expression | single-cell RNAseq methods
3 minute GSEA tutorial in R | RNAseq tutorials
Simple guide to GSEA and plotting in python
Convert h5ad anndata to a Seurat single-cell R object
Руководство по фильтрации и выделению подмножеств одноэлементных объектов anndata и pandas | базо...
Label single-cells automatically in python | scVI label transfer
Красивые и настраиваемые графики вулканов РНК-секвенирования
Как удалить дублеты одноклеточных объектов в Python
Анализ отдельных клеток с использованием набора инструментов машинного обучения scVI
Single-cell integration in python with scanpy
RNAseq volcano plot of differentially expressed genes
How to do gene ontology analysis in python