Поиск маркеров и идентификация кластеров в РНК-секвенировании отдельных клеток с использованием S...

Подробный разбор шагов поиска канонических маркеров (маркеров, сохраняющихся при разных условиях) и поиска маркеров, экспрессия которых различается в определённом типе клеток при разных условиях, с использованием функций поиска маркеров Сёра в R. Надеюсь, видео будет для вас познавательным. Жду ваших комментариев!

1) Данные:
https://drive.google.com/file/d/13I22...

2) Ссылка на код:
https://github.com/kpatel427/YouTubeT...

3) Виньетки:
▸ https://satijalab.org/seurat/articles...
▸ https://satijalab.org/seurat/articles...
▸ https://hbctraining.github.io/In-thou...

4) Базы данных маркеров:
1. SCSig: http://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigd...
2. PangloDB: https://panglaodb.se/
3. CellMarker: http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellM...

Главы:
0:00 Введение
0:36 findMarkers(), findAllMarkers(), findConservedMarkers()
4:09 Дизайн исследования
4:57 Загрузка данных
6:20 Визуализация по кластерам и условию
9:15 findAllMarkers()
12:51 DefaultAssay 'RNA'
14:10 findConservedMarkers() для кластера 3
17:12 Визуализация канонических маркеров на FeaturePlot
20:15 RenameIdents
21:55 Аннотирование кластеров и баз данных маркеров
23:56 Аннотирование остальных кластеров
26:21 Выполнение дифференциальной экспрессии в моноцитах CD16 между различными состояниями (findMarkers())
30:52 Визуализация маркеров, идентифицированных с помощью findConservedMarkers() и findMarkers()

Поддержите меня, угостив меня кофе:
https://www.buymeacoffee.com/bioinfor...

Связаться со мной:
Сайт: https://bioinformagician.org/
Github: https://github.com/kpatel427
Электронная почта: [email protected]

#bioinformagician #bioinformatics #findmarkers #findallmarkers #findconservedmarkers #deg #seurat #integration #cca #R #genomics #beginners #tutorial #howto #omics #research #biology #ncbi #GEO #rnaseq #ngs