Использование Cellpose и StarDist в CellProfiler

В этом руководстве мы покажем, как использовать новые плагины CellProfiler для сегментации на основе глубокого обучения с помощью Cellpose и StarDist. Алгоритмы Cellpose и StarDist надёжно идентифицируют различные типы клеток. Обсуждаемые нами плагины (RunCellpose и RunStardist) делают эти алгоритмы более доступными и позволяют включать их в существующие рабочие процессы CellProfiler. Мы покажем, как использовать RunCellpose и RunStardist для анализа наборов 2D- и 3D-изображений.

Ссылки:
Скачать плагины CellProfiler: https://github.com/CellProfiler/CellP...
Инструкции по установке плагинов runCellpose и runStarDist: https://github.com/CellProfiler/CellP...
Вики по CellProfiler (с инструкциями по установке CellProfiler из исходного кода): https://github.com/CellProfiler/CellP...

Несколько советов:
RunStarDist, как правило, быстрее и, поскольку он предполагает звёздчато-выпуклую форму, лучше всего подходит для ядер или округлых клеток.
RunCellpose и модели Omnipose в нём — хорошая отправная точка для сегментации невыпуклых клеток.
Для любого из этих инструментов графический процессор поможет значительно повысить скорость/эффективность. Данное руководство предполагает, что участники уже знакомы с CellProfiler.