Учебное пособие по Autodock Vina — молекулярная стыковка
Автор: Farhan Haq
Загружено: 2020-12-17
Просмотров: 95194
#Белок #Структура #Анализ #Биоинформатика #Белок #Лиганд #Ингибитор
Блог: https://farhanhaqjahangiri.blogspot.c...
1. Скачайте и установите MGL Tools (http://mgltools.scripps.edu/downloads)
2. Запустите установку, это займёт несколько минут.
3. После этого скачайте AUTODOCK Vina и PYMOL по ссылкам http://vina.scripps.edu/index.html
https://pymol.org/2/
4. AUTODOCK используется для молекулярного докинга, в ходе которого мы ищем подходящий лиганд для белка.
5. База данных RCSB PDB используется для структур PDB белков, а PubChem — для загрузки лиганда. 6. Откройте структуру белка в инструментах AUTODOCK.
7. Теперь необходимо подготовить белок к взаимодействию с лигандом.
8. Удалите все молекулы воды из структуры и добавьте полярные водородные остатки.
9. Теперь добавьте заряды Коллмана для наилучшего взаимодействия белка с лигандом.
10. Конвертируйте файл SDF в PDB для загрузки в инструмент AUTODOCK с помощью PYMOL.
11. Подготовьте файл лиганда, следуя инструкциям.
12. Подготовьте сетку, загрузите файл белка и файл лиганда.
13. Откройте поле сетки, в котором будет указано точное место, где будет происходить стыковка.
14. Откройте командную строку и укажите путь к папке с файлом.
15. Подготовьте файл config.txt со всеми измерениями.
16. Теперь выполните команду.
17. Будет сгенерирован файл log.txt, содержащий оценку стыковки.
Доступные форматы для скачивания:
Скачать видео mp4
-
Информация по загрузке:
