L'authenticité d'un chrétien se voit à l'heure de la difficulté.

« Un soldat n'est pas obligé d'obéir à un ordre qui va contre la loi de Dieu. Une loi immorale, personne ne doit la respecter. Il est temps de revenir à votre conscience et d'obéir à votre conscience plutôt qu'à l'ordre du péché. Au nom de Dieu, au nom de ce peuple souffrant, dont les lamentations montent jusqu'au ciel et sont chaque jour plus fortes, je vous prie, je vous supplie, je vous l'ordonne, au nom de Dieu : Arrêtez la répression !

« En moins de trois ans, plus de cinquante prêtres ont été attaqués, menacés ou calomniés. Six qui ont été assassinés méritent d'être considérés comme martyrs. Certains ont été torturés, d'autres expulsés du pays. Des sœurs ont été également persécutées. La radio de l'archidiocèse, des institutions éducatives catholiques ou d'inspiration chrétienne ont été attaquées, menacées, intimidées ou ont subi des attentats à l'explosif. Plusieurs communautés paroissiales ont fait l'objet de « raids ». Si tout cela s'est produit à l'encontre des représentants de l'Église, on peut imaginer ce qui a été fait aux chrétiens ordinaires, aux paysans, aux catéchistes, aux délégués et aux communautés de base. […] Mais il est important de remarquer pourquoi l'Église est persécutée : Ce n'est pas tous les prêtres ou n'importe lequel d'entre eux. Ce n'est pas toutes les institutions ou n'importe laquelle de ces institutions. Est attaquée ou persécutée cette partie de l'Église qui s'est mise aux côtés du peuple et se pose en défenseur du peuple. Ici aussi, se trouve la même clé d'explication de la persécution de l'Église : les pauvres

Óscar Romero est réputé être un conservateur : il n'avait pas hésité, du temps où il était encore évêque auxiliaire, à dénoncer publiquement, lors de la célébration de la transfiguration du Christ (fête patronale de San Salvador), « la nouvelle Christologie » comme étant une menace pour la doctrine de l'Église et de la Foi. Ainsi en 1975, à l'occasion de la mort de Josemaría Escrivá de Balaguer, fondateur de l'Opus Dei, il envoie au pape Paul VI une lettre louant les mérites du défunt et adjurant le pape d'ouvrir rapidement son procès en canonisation. Il indique notamment « avoir confié avec satisfaction à l'Œuvre la direction spirituelle de sa propre vie et de celle d'autres prêtres ».

L'assassinat du père Rutilio Grande
Trois semaines après son installation, l'ami de Mgr Romero, le père Rutilio Grande, qui aide les agriculteurs pauvres, est assassiné avec un agriculteur âgé et un jeune garçon. Les corps sont exposés dans la cathédrale. Plus tard, Oscar Romero dira : « En regardant Rutilio étendu là, mort, j'ai pensé que je suivrais moi aussi le même chemin ». Une étincelle s’allume alors pour le nouvel évêque qui commence à comprendre ce qu'implique cette sainteté à laquelle il aspirait étant jeune homme.

Le père Rutilio n'était pas la seule personne assassinée en toute impunité au Salvador au cours de ces années. Des personnes disparaissent chaque jour ; les paysans sont terrorisés ; les prêtres et les agents pastoraux qui veulent aider les pauvres sont torturés ou tués. L'archevêque silencieux élève sa voix. Il dénonce le gouvernement de droite et les guérillas de gauche. Il dénonce même le gouvernement américain qui fournit les armes avec lesquelles son peuple est tué. Ses homélies, dans lesquelles il fournit une liste hebdomadaire de personnes disparues, torturées ou tuées, ont une audience supérieure à celle de tout autre programme radiophonique du pays.

C'est une heure difficile et, comme le dit l'archevêque, « l'authenticité d'un chrétien se voit à l'heure de la difficulté... Bénis soit le Seigneur pour cette heure difficile dans notre archidiocèse. Demandons à en être dignes ! ».

Le lendemain, alors qu'Óscar Romero prononce une homélie pendant la célébration de la messe dans la chapelle de l'hôpital de la Divine-Providence, un coup de fusil atteint l'Évêque en pleine poitrine : il meurt quelques minutes plus tard.

Les funérailles d'Óscar Romero sont accompagnées par 350 000 personnes à San Salvador. Trois cents prêtres et trente évêques du monde entier y assistent. Mais tandis que la messe commence, une bombe éclate et des coups de feu provoquent un début de panique parmi la foule. Une cinquantaine de personnes (dont de nombreux enfants) meurent piétinés, tandis qu'on relève une dizaine de corps tués par balle. Le corps d'Óscar Romero est enterré à la hâte dans une tombe située dans le transept droit de la basilique du Sacré-Cœur, la messe de funérailles ne pouvant se terminer. Tandis que les médias et gouvernements américain et salvadorien accusent une attaque de groupuscules d'extrême gauche, un texte ronéotypé daté du 30 mars, signé par vingt-deux hauts représentants du clergé présents aux funérailles, affirmait que la panique avait été déclenchée par l'explosion d'une bombe jetée du palais présidentiel, suivie de tirs de mitrailleuse et d'armes automatiques provenant du second étage.