¿Cómo instalar PyGBe en Ubuntu 18.04? / Install PyGBe in Ubuntu 18.04

Comandos para instalar pygbe en Ubuntu 18.04



sudo apt update

nvidia-smi

python --version

bash Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh

gcc --version

sudo sh cuda_11.0.1_450.36.06_linux.run --override

(--override es para forzarlo a usar la versión de gcc que este instalada en la compu)

una vez instalado CUDA necesitamos saber donde esta CUDA:

whereis cuda

agregas las paths al .bashrc

sudo apt install gedit (si no lo tienes instalado ya)

sudo gedit ~/.bashrc

agrega las líneas al final del documento, guarda y cierra el documento

export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH
export CUDA_ROOT=/usr/local/cuda

otra opción es indicar la ruta especifica de CUDA

export PATH=/usr/local/cuda-11.0/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-11.0/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

aplica los cambios guarda y cierra

source ~/.bashrc

sudo apt install swig python3-pip python3-numpy python3-scipy python3-matplotlib python3-pandas python3-simpy python3-nose python3-pytools git

sudo apt install cython3

instala pycuda con:

sudo apt install python3-pycuda

reboot

cd $home

mkdir src

cd src

git clone https://github.com/pygbe/pygbe.git

cd pygbe

sudo python3 setup.py install clean

conda create -n pygbe python=3.6 numpy scipy cython matplotlib

source activate pygbe


Pygbe se ejecuta desde terminal y el nombre del folder con los archivos de la proteína ejemplo:


pygbe lys


Notas
1. Si la tarjeta gráfica no soporta un driver superior, es mejor no instalarlo.
2. Cada vez que se modifique el driver hay que reinstalar pycuda
3. Versiones superiores al Ubuntu 20 tienen problemas adicionales de instalación con el gcc, o el cython o el pycuda,
4. En tal caso se puede utilizar un docker para correr pygbe desde un contenedor