Análisis Covid 19 con R

#mathjeasy

Les comparto este video en donde se muestra la forma de correr un script en el software R para analizar la base de datos de Covid19 en México, puedan exportar el filtrado de los datos a un archivo .csv y puedan procesar el archivo con Excel o algún otro programa. La página en donde se encuentra la base de datos se encuentra en el siguiente link:

https://www.gob.mx/salud/documentos/d...

No olvides visitar mi canal:    / mathjeasy  

Gracias.

Link descargar R: https://cran.r-project.org/
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Script mostrado en el video###

####### 1. Direcciona el directorio de trabajo
setwd("C:/Users/jevab/OneDrive/Escritorio/AnalisisCovid")

######## 2. Lee las librerías necesarias
Nota: en caso de no tenerlas instaladas se requieren instalar

install.packages("readr")
install.packages("data.table")

require(data.table)
library("data.table","readr")

####### 3. Lee del archivo sólo las columnas necesarias
¡No olvidar cambiar el nombre del archivo .csv!
Nota: El archivo contiene 40 columnas, sólo de leerán las siguientes columnas:
"ENTIDAD_RES" "CLASIFICACION_FINAL" "FECHA_SINTOMAS")

DatMexico=fread("220630COVID19MEXICO.csv",select=c("ENTIDAD_RES",
"CLASIFICACION_FINAL","FECHA_SINTOMAS"))

####### 4. Crea un dataframe con los datos del archivo

DatosMEXICO = data.frame(DatMexico)

dim(DatosMEXICO) # Para observar la dimensión de la base de datos.
str(DatosMEXICO) # Para conocer la estructura del data frame.
colnames(DatosMEXICO) # Asignar nombre a los vectores el nombre de su columna
attach(DatosMEXICO) # nos permite acceder a las "columnas" de un data frame,
con el nombre de la columna
names(DatosMEXICO) # Para observar el nombre de las variables de la base de datos.
head(DatosMEXICO) # Para observar las primeras 6 filas de la base de datos.

ENTIDAD_RES

####### 5. Realiza un filtro a la base de datos para seleccionar
sólo los datos positivos a covid (CLASIFICACION_FINAL **LESSTHAN 3)

NOTA IMPORTANTE: antes de corre el script, en donde dice **LESS
tienes que colocar el signo menor como esta en el video, ya que en
la descripción del video no se puede colocar esos símbolos

DatosPais=subset(DatosMEXICO,(CLASIFICACION_FINAL **LESS= 3))
DatosPais

Filtro para para seleccionar sólo los datos positivos a covid
(CLASIFICACION_FINAL **LESS== 3) y para el estado con (ENTIDAD_RES==09)

Datos09=subset(DatosMEXICO,(ENTIDAD_RES==09&CLASIFICACION_FINAL **LESS= 3))
Datos09

####### 6. Crea una tabla de frecuencias con el numero de contagios y la
fecha de síntomas

ResPais=table(DatosPais$FECHA_SINTOMAS)
ResPais # Tabla frecuencias resultados país

Res09=table(Datos09$FECHA_SINTOMAS)
Res09 # Tabla frecuencias resultados país

####### 7. Exporta la tabla de frecuencias con el numero de contagios y la
fecha de síntomas

write.csv(ResPais,file = "DatContagiosPais.csv") # Crea archivo de tipo csv
write.csv(Res09,file = "DatContagios09.csv") # Crea archivo de tipo csv

####### 8. Realiza la gráfica de barras con el numero de contagios y la
fecha de síntomas

barplot(ResPais,col=c("grey"),main="Gráfico de contagios de México",
ylab ="Personas contagiadas",las=2,xlab ="Fecha",
font.axis=1,cex.axis=0.8,cex.names=.6)

##### DESCRIPCIÓN DE VARIABLE: FECHA_SINTOMAS
Identifica la fecha en que inició la sintomatología del paciente (AAAA-MM-DD)

##### DESCRIPCIÓN DE VARIABLE: CLASIFICACION_FINAL
Identifica si el paciente es un caso de COVID-19 según el catálogo
"CLASIFICACION_FINAL"
# CLAVE CLASIFICACIÓN DESCRIPCIÓN
1 CASO DE COVID-19 (CONFIRMADO POR ASOCIACIÓN CLÍNICA EPIDEMIOLÓGICA)
2 CASO DE COVID-19 (CONFIRMADO POR COMITÉ DE DICTAMINACIÓN)
3 CASO DE SARS-COV-2 (CONFIRMADO)
4 INVÁLIDO POR LABORATORIO
5 NO REALIZADO POR LABORATORIO
6 CASO SOSPECHOSO
7 NEGATIVO A SARS-COV-2

##### DESCRIPCIÓN DE VARIABLE: ENTIDAD_RES
Identifica la entidad de residencia del paciente según el catálogo
CATALÓGO: ENTIDADES
CLAVE_ENTIDAD ENTIDAD_FEDERATIVA ABREVIATURA
01 AGUASCALIENTES
02 BAJA CALIFORNIA
03 BAJA CALIFORNIA SUR
04 CAMPECHE
05 COAHUILA DE ZARAGOZA
06 COLIMA
07 CHIAPAS
08 CHIHUAHUA
09 CIUDAD DE MÉXICO
10 DURANGO
11 GUANAJUATO
12 GUERRERO
13 HIDALGO
14 JALISCO
15 MÉXICO
16 MICHOACÁN DE OCAMPO
17 MORELOS
18 NAYARIT
19 NUEVO LEÓN
20 OAXACA
21 PUEBLA
22 QUERÉTARO
23 QUINTANA ROO
24 SAN LUIS POTOSÍ
25 SINALOA
26 SONORA
27 TABASCO
28 TAMAULIPAS
29 TLAXCALA
30 VERACRUZ DE IGNACIO DE LA LLAVE
31 YUCATÁN
32 ZACATECAS
36 ESTADOS UNIDOS MEXICANOS
97 NO APLICA
98 SE IGNORA
99 NO ESPECIFICADO