Популярное

Музыка Кино и Анимация Автомобили Животные Спорт Путешествия Игры Юмор

Интересные видео

2025 Сериалы Трейлеры Новости Как сделать Видеоуроки Diy своими руками

Топ запросов

смотреть а4 schoolboy runaway турецкий сериал смотреть мультфильмы эдисон
dTub
Скачать

HDAB Cell Detection using StarDist in QuPath

Автор: Mark Zaidi

Загружено: 2022-08-05

Просмотров: 4531

Описание:

Universal StarDist for QuPath: https://github.com/MarkZaidi/Universa...
Code used is below:
-----------------------------------------------
import qupath.ext.stardist.StarDist2D
var imageData = getCurrentImageData()
def stains = imageData.getColorDeconvolutionStains()
// Specify the model file (you will need to change this!)
def pathModel = 'C:/Users/Mark Zaidi/Documents/QuPath/Stardist Trained Models/dsb2018_heavy_augment.pb'

var stardist = StarDist2D.builder(pathModel)
.preprocess(
ImageOps.Channels.deconvolve(stains),
ImageOps.Channels.extract(0,1),
ImageOps.Channels.sum(),
ImageOps.Filters.median(2),
//ImageOps.Core.divide(2),
)
.threshold(0.5) // Probability (detection) threshold
//.channels('DAPI') // Specify detection channel
.normalizePercentiles(1, 99) // Percentile normalization
.pixelSize(0.5) // Resolution for detection
.build()

// Run detection for the selected objects

var pathObjects = getSelectedObjects()
if (pathObjects.isEmpty()) {
Dialogs.showErrorMessage("StarDist", "Please select a parent object!")
return
}
stardist.detectObjects(imageData, pathObjects)
println 'Done!'

HDAB Cell Detection using StarDist in QuPath

Поделиться в:

Доступные форматы для скачивания:

Скачать видео mp4

  • Информация по загрузке:

Скачать аудио mp3

Похожие видео

Cell Counting in QuPath

Cell Counting in QuPath

Image Alignment Demo

Image Alignment Demo

Введение в кодирование шейдерной графики

Введение в кодирование шейдерной графики

Introduction to QuPath

Introduction to QuPath

Using ChatGPT (and pyvips) to convert proprietary images into open source formats

Using ChatGPT (and pyvips) to convert proprietary images into open source formats

4 Hours Chopin for Studying, Concentration & Relaxation

4 Hours Chopin for Studying, Concentration & Relaxation

Визуализация внимания, сердце трансформера | Глава 6, Глубокое обучение

Визуализация внимания, сердце трансформера | Глава 6, Глубокое обучение

КАК УСТРОЕН TCP/IP?

КАК УСТРОЕН TCP/IP?

Цена российской нефти упала до $34.. Как жить дальше? | Дмитрий Потапенко*

Цена российской нефти упала до $34.. Как жить дальше? | Дмитрий Потапенко*

Обнаружение клеток и измерения клеток

Обнаружение клеток и измерения клеток

Automated Quantification of Mycelium Area on Petri Dish

Automated Quantification of Mycelium Area on Petri Dish

Понимание Active Directory и групповой политики

Понимание Active Directory и групповой политики

LLM и GPT - как работают большие языковые модели? Визуальное введение в трансформеры

LLM и GPT - как работают большие языковые модели? Визуальное введение в трансформеры

TV Art Screensaver: Minimal, Modern Line Art, Scandinavian Art and TV Background | 4K

TV Art Screensaver: Minimal, Modern Line Art, Scandinavian Art and TV Background | 4K

Маска подсети — пояснения

Маска подсети — пояснения

⚡️АСЛАНЯН: Срочно! Путин СОРВАЛСЯ ОБРАЩЕНИЕМ! Сделка с Трампом СОРВАНА. Слили НОВЫЕ ЦЕЛИ

⚡️АСЛАНЯН: Срочно! Путин СОРВАЛСЯ ОБРАЩЕНИЕМ! Сделка с Трампом СОРВАНА. Слили НОВЫЕ ЦЕЛИ "СВО"

Что такое Rest API (http)? Soap? GraphQL? Websockets? RPC (gRPC, tRPC). Клиент - сервер. Вся теория

Что такое Rest API (http)? Soap? GraphQL? Websockets? RPC (gRPC, tRPC). Клиент - сервер. Вся теория

КЛАДБИЩЕ ВСУ. ПОТЕРИ ВСУ В КУПЯНСКЕ ОГРОМНЫ 💥Военные Сводки 31.12.2025

КЛАДБИЩЕ ВСУ. ПОТЕРИ ВСУ В КУПЯНСКЕ ОГРОМНЫ 💥Военные Сводки 31.12.2025

Running a complex project in QuPath 0.3.2

Running a complex project in QuPath 0.3.2

cellpose 2.0 tutorial: how to train your own cellular segmentation model

cellpose 2.0 tutorial: how to train your own cellular segmentation model

© 2025 dtub. Все права защищены.



  • Контакты
  • О нас
  • Политика конфиденциальности



Контакты для правообладателей: [email protected]