Bagian

Panglima besar Jenderal Soedirman segera menugaskan Operasi militer untuk menumpas pemberontakan PKI di Madiun kepada Kolonel AH. Nasution sebagai Panglima Komando Jawa dan Letkol. Abimanju selaku komandan Brigade dalam Divisi Siliwangi serta Kolonel Gatot Soebroto selaku Gubernur Militer Jawa Tengah di Solo.
Saat Panglima Besar Jenderal Sudirman sakit, komando GOM penumpasan PKI Madiun diserahkan kepada Kolonel A.H. Nasution, maka pada tanggal 21 September 1948, atas nama Jenderal Soedirman ditugaskanlah Kolonel Gatot Subroto untuk memimpin penumpasan pemberontakan PKI di wilayah Jawa Tengah dan untuk memimpin penumpasan pemberontakan PKI di wilayah di Jawa Timur, ditugaskan kepada Kolonel Sungkono komandan Divisi I Brawijaya di Jawa Timur.
Akhirnya setelah dua minggu pertempuran TNI dengan PKI di berbagai tempat, maka pada tanggal 30 September 1948, Komandan Brigade Divisi Siliwangi Letkol Sadikin memimpin operasi Pasukan Siliwangi I dan II untuk menyerang Madiun dari arah timur dan barat sampai dapat dikuasai kembali. Sedangkan sisa pasukan FDR/PKI dipimpin Amir Sjarifoeddin, melarikan diri ke daerah pegunungan menuju desa kecil Kandangan, karena di sini Amir Syarifudin pernah menimbun amunisi dan senjata di sebuah tempat yang dibangun ketika dirinya menjadi Menteri Pertahanan. Namun yang mengejutkan mereka, desa itu ternyata sudah diduduki oleh pasukan Kolonel Sungkono yang dipimpin oleh Mayor Sabarudin Divisi I Brawijaya di Jawa Timur. Sehingga pasukan FDR Amir Syarifudin melarikan diri lagi ke berbagai arah.
Pada tanggal 28 Oktober 1948, TNI menangkap 1.500 orang dari unit militer PKI sebagai pasukan pemberontak terakhir. Lalu pada tanggal 31 Oktober 1948, TNI bergerak lagi melakukan GOM ke arah pegunungan dan akhirnya pasukan pengawal Mussopun ditumpas, namun terpaksa Musso harus ditembak mati ketika dia bersembunyi di kamar kecil dan menolak untuk menyerah. Jenazah Musso dibawa ke Ponorogo, untuk dikremasi dengan disaksikan masyarakat.
Pada tanggal 29 November 1948, Djoko Sujono dan Maruto Darusman ditangkap. Lalu pada tanggal 30 November 1948 Suripno ditangkap di Kelambu, Purwodadi, Jawa Tengah dan dipenjarakan di Kudus. Sedangkan Amir Sjarifoeddin ditangkap pada tanggal 4 Desember 1948. Sehingga pada tanggal 7 Desember 1948, Mabes TNI mengumumkan dalam rangka pemusnahan terakhir pemberontakan, telah ditangkap sekitar 35.000 orang PKI yang sebagian besar tentaranya. Akhirnya pada tanggal 19 Desember 1948, Amir Sjarifoeddin, Maruto Darusman, Djoko Sujono, Suripno dan para pemimpin PKI lainnya dieksekusi.