Soutenance de thèse de Julie Dijoux

Le projet « Étude de la structure et dynamique du microbiome de métallophytes néo-calédoniennes : vers une meilleure compréhension des phénotypes d’hyperaccumulation du Ni chez Psychotria gabriellae et Geissois pruinosa » a été réalisé sous la direction de Valérie Burtet-Sarramegna et Linda Guentas.
Résumé

La Nouvelle-Calédonie, constituée d’environ un tiers de sols ultramafiques et considérée comme un « hotspot » de biodiversité mondiale, abrite de nombreuses espèces végétales capables d’exclure, d’accumuler, voire même d’hyperaccumuler les métaux. Ces espèces, qualifiées de métallophytes, possèdent un microbiome lui-même adapté au stress métallique. Ce microbiome peut influencer positivement la fitness et l’expression phénotypique de leur plante hôte dans un contexte ultramafique. Son étude permet de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents aux différents comportements adaptatifs (hyperaccumulation vs. exclusion) des métallophytes dans ces écosystèmes extrêmes.
Dans le cadre de cette thèse, nous avons caractérisé les communautés bactériennes et fongiques associées aux feuilles, fruits, racines et sols rhizosphériques de quatre espèces végétales endémiques de Nouvelle-Calédonie. En comparant des espèces hyperaccumulatrices de Ni – Psychotria gabriellae et Geissois pruinosa – à des espèces non-accumulatrices – P. semperflorens et G. racemosa –, nous avons cherché à identifier un éventuel microbiome spécifique aux espèces hyperaccumulatrices et non-accumulatrices de Ni étudiées, qui pourrait favoriser leurs phénotypes respectifs et leurs adaptations aux sols ultramafiques.
Pour ce faire, deux approches complémentaires ont été menées : culture-indépendante et culture-dépendante. Par séquençage d’amplicons, nous avons identifié et comparé l’ensemble des microorganismes présents dans tous les compartiments des plantes. Parallèlement, nous avons isolé des bactéries et champignons cultivables présentant des traits d’intérêt (promotion de la croissance des plantes, résistance aux métaux) en vue de futures applications, notamment dans des biotechnologies innovantes, des stratégies de revégétalisation plus efficaces ou des expériences de phytoremédiation bioaugmentée.

Mots clés : ETM ; Geissois ; Hyperaccumulation du Ni ; Métallophytes ; Microorganismes bactériens ; Microorganismes fongiques ; Nouvelle-Calédonie ; Psychotria ; Traits PGP ; Séquençage d’amplicons.




Composition du jury

Damien Blaudez, professeur des universités, Université de Lorraine
Sylvain Bourgerie, maître de conférences HDR, Université d’Orléans
Fabian Carriconde, chercheur HDR, Institut Agronomique Calédonien
Isabelle Schalk, directrice de recherche, CNRS – Université de Strasbourg
Valérie Burtet-Sarramegna, professeure des universités, UNC
Linda Guentas, maîtresse de conférences HDR, UNC