PerturBench: Сравнительный анализ моделей машинного обучения для анализа клеточных возмущений

Портал — это дом сообщества, занимающегося разработкой лекарств и ИИ. Присоединяйтесь к нам, чтобы узнать больше об этом докладе и пообщаться с докладчиками: https://portal.valencelabs.com/multio...

Доклад: PerturBench: Сравнительный анализ моделей машинного обучения для анализа клеточных возмущений

https://arxiv.org/abs/2408.10609

Аннотация: Мы представляем комплексную платформу для моделирования реакции на возмущения в отдельных клетках, направленную на стандартизацию сравнительного анализа в этой быстро развивающейся области. Наш подход включает в себя модульную и удобную платформу для разработки и оценки моделей, набор разнообразных наборов данных о возмущениях и набор метрик, предназначенных для объективного сравнения моделей и анализа нюансов их производительности. Проведя всестороннюю оценку как опубликованных, так и базовых моделей на различных наборах данных, мы выявили ограничения широко используемых моделей, такие как коллапс мод. Мы также демонстрируем важность ранговых метрик, дополняющих традиционные показатели соответствия модели, такие как среднеквадратическая ошибка (RMSE), для проверки её эффективности. В частности, наши результаты показывают, что, хотя ни одна архитектура модели не превосходит другие, более простые архитектуры, как правило, конкурентоспособны и хорошо масштабируются с большими наборами данных. В целом, этот сравнительный анализ устанавливает новые стандарты оценки моделей, способствует их надёжной разработке и расширяет возможности использования высокопроизводительных генетических и химических скринингов для выявления целевых заболеваний.