Реализация математической формулы разрежения для измерения богатства в R (CC197)

Знаете ли вы, что существует математическая формула для измерения богатства по разреженности? Она использует множество концепций, о которых мы редко задумываемся, но которые важно понимать для полного понимания разреженности. В этом эпизоде ​​мы будем использовать функции факториала R, combn, choose и lchoose для получения точного решения для богатства сообщества, разреженного до определенной глубины выборки. Попутно мы также обсудим возможности работы с логарифмами. Я покажу, как синтезировать и визуализировать данные с помощью инструментов из базового R, dplyr, ggplot2 и других пакетов Tidyverse.

Вы можете найти мой пост в блоге для этого эпизода по адресу https://www.riffomonas.org/code_club/.... Данные были получены в нашем исследовании Kozich et al. Статья 2013 года (http://doi.org/10.1128/AEM.01043-13) с использованием примеров из статьи Шлосса и др. 2012 года (http://doi.org/10.4161/gmic.21008).

#rarefation #math #R #Rstudio #Rstats

Хотите больше практики по концепциям, рассматриваемым в Code Club? Вы можете подписаться на мою еженедельную рассылку по адресу https://shop.riffomonas.org/youtube, чтобы получать практические задания, советы и рекомендации.

Если вы заинтересованы в участии в предстоящем трёхдневном семинаре по R, обязательно ознакомьтесь с нашим расписанием на сайте https://riffomonas.org/workshops/

Вы также можете найти полные руководства по изучению R с помощью tidyverse, используя...
Данные по экологии микроорганизмов: https://www.riffomonas.org/minimalR/
Общие данные: https://www.riffomonas.org/generalR/

0:00 Вычисление точного разреженного богатства
2:30 Обзор dplyr
5:21 Математика разрежения
9:01 Факториалы и выбор в R
13:13 Работа с логарифмами
19:24 Создание и реализация функции разрежения
20:42 Сравнение разреженных и неразреженных данных