[Ép. 6] Reconstruire une Phylogénie avec le Neighbor-Joining

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Séquencer l’ADN nous permet de mesurer les distances génétiques entre les espèces, mais comment peut-on en déduire leurs relations de parenté ? Dans cette vidéo, je vous explique le fonctionnement de l’algorithme du Neighbor-Joining (NJ), une méthode révolutionnaire de reconstruction d’arbres phylogénétiques.

Nous verrons pourquoi les approches naïves comme l’UPGMA échouent et nous expliciterons le principe logique qui explique le succès du Neighbor-Joining. Vous découvrirez également les étapes clés de cet algorithme et pourquoi il reste si utilisé aujourd’hui, près de 40 ans après sa publication.

Si vous vous intéressez à l’évolution, à la bioinformatique ou aux méthodes de reconstruction phylogénétique, cette vidéo est faite pour vous ! Merci à Olivier Gascuel pour ses conseils !

Pour comprendre d'où viennent les formules utilisées dans cette vidéo je vous suggère de regarder cette vidéo :    • [Ép. 5] Étoile, cerise et phylogénie : com...  
Et pour mieux comprendre la notion de distance génétique vous pouvez consulter le premier épisode de la chaine :    • [Ép. 1] Distance Génétique : Comment Mesur...  

Sommaire de la vidéo :
00:00 - Introduction
01:08 - Rappels sur les distances
02:02 - L’invalidité de l’UPGMA
03:03 - Le critère du « Minimum d’Évolution »
03:49 - Initialisation de l’algorithme NJ
05:40 - Phase de regroupement de l’algorithme NJ
07:04 - Phase de réduction de l’algorithme NJ
08:04 - Résolution de l’arbre
10:12 - Améliorations de l’algorithme
10:49 - Conclusion

Références :
Pardi, F. (2022). Inférence phylogénétique : méthodes basées sur les distances. Modèles et méthodes pour l’évolution biologique, 151-176.
Van Noorden, R., Maher, B., & Nuzzo, R. (2014). The top 100 papers. Nature News, 514(7524), 550.
Mihaescu, R., Levy, D., & Pachter, L. (2009). Why neighbor-joining works. Algorithmica, 54, 1-24.
Gascuel, O., & Steel, M. (2006). Neighbor-joining revealed. Molecular biology and evolution, 23(11), 1997-2000.
Gascuel, O. (1994). A note on Sattath and Tversky's, Saitou and Nei's, and Studier and Keppler's algorithms for inferring phylogenies from evolutionary distances. Molecular Biology and Evolution, 11(6), 961-963.
Saitou, N., & Nei, M. (1987). The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular biology and evolution, 4(4), 406-425.

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