[Ép. 5] Étoile, cerise et phylogénie : comment calculer la longueur d'un arbre ?
Автор: Évoluscope
Загружено: 2024-11-28
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#phylogénie #matrice #génétique
Cette vidéo explore une question cruciale en phylogénie : comment calculer la longueur d’un arbre évolutif donné à partir des distances génétiques entre espèces. À travers des exemples clairs et progressifs, nous découvrons les bases géométriques intuitives de ce calcul, et nous terminons par la formule élégante de Yves Pauplin qui simplifie cette tâche. Merci à Olivier Gascuel pour ses conseils !
Sommaire de la vidéo :
00:00 - Introduction
01:06 - La longueur d’une étoile à 3 branches
02:21 - La longueur d’une étoile à 4 ou 5 branches
03:45 - La longueur d’un arbre avec une cerise
05:51 - Le point de partage de la cerise
07:22 - La longueur d’un arbre dichotomique
09:41 - Conclusion
Références :
Gascuel, O., & Steel, M. (2006). Neighbor-joining revealed. Molecular biology and evolution, 23(11), 1997-2000.
Semple, C., & Steel, M. (2004). Cyclic permutations and evolutionary trees. Advances in Applied Mathematics, 32(4), 669-680.
Pauplin, Y. (2000). Direct calculation of a tree length using a distance matrix. Journal of Molecular Evolution, 51, 41-47.
Saitou, N., & Nei, M. (1987). The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular biology and evolution, 4(4), 406-425.
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