15 идей для биоинформатических проектов

Узнайте больше о программах дистанционного обучения на степень магистра и доктора философии (MS и PhD) на кафедре микробиологии и клеточных наук Университета Флориды: https://microbiologyonline.ifas.ufl.e...

15 идей для биоинформатических проектов:
00:26 Проект 1: Воспроизведение рисунков с дополнительными данными
01:13 Проект 2: Воспроизведение рисунков ChIP-seq из статьи
01:35 Проект 3: Воспроизведение результатов РНК-секвенирования из статьи
02:03 Проект 4: Сравнение bedtools и mosdeep для расчета покрытия
02:51 Проект 5: Влияние субвыборки на распространенность метагеномики
03:46 Проект 6: Влияние субвыборки на точность определения вариантов
04:20 Проект 7: Влияет ли порядок чтения в FASTQ на последующие анализы?
04:57 Проект 8: Распараллеливание с использованием нескольких потоков или разделение данных и использование отдельных потоков для каждого файла
07:09 Проект 9: Создание веб-приложения для проведения биоинформатического анализа
07:40 Проект 10: Создание инструмента визуализации для биоинформатических форматов файлов
08:00 Проект 11: Создание инструмента отладки для сложных форматов файлов
08:24 Проект 12: Дополнение к существующему биоинформатическому инструменту
08:56 Проект 13: Написание (интерактивной?) статьи о статистических концепциях
09:13 Проект 14: Написание (интерактивной?) статьи о фильтрах Блума
09:37 Проект 15: Написание (интерактивной?) статьи о k-мерах и минимизаторах

Другие идеи для проектов:
Наше предыдущее видео «Идеи для биоинформатических проектов»:    • Bioinformatics project ideas  
Гены и география Проект:    • Genes and geography -- a bioinformatics pr...  
Проект РНК-секвенирования:    • RNA-seq tutorial with DESeq2: Differential...  
Идеи для проектов из лаборатории Шатца: https://github.com/schatzlab/appliedg...

Полезные ссылки:
Найти статьи для воспроизведения в Nature Communications: https://www.nature.com/subjects/biolo...
Запись в блоге Мин Тана о воспроизведении анализа ChIP-seq из статьи: https://crazyhottommy.github.io/repro...
Учебное пособие Alexander Lab по воспроизведению результатов РНК-секвенирования из статьи: https://alexanderlabwhoi.github.io/BV...
Библиотека Biowasm для запуска CLI-инструментов биоинформатики в браузере: https://biowasm.com
Библиотека JavaScript для создания фильтров Блума в браузере: https://github.com/Callidon/bloom-fil...