Биоинформатика - инструмент предварительной обработки fastp FastQ (временные метки)

Добро пожаловать всем! Сегодня я расскажу о FastP, который полезен для обработки сырых файлов FastQ перед их использованием в инструментах выравнивания, таких как STAR или Bowtie2. Здесь я кратко расскажу о различных возможностях и способах применения FastP. Хотя я раньше им не пользовался, думаю, что воспользуюсь им в будущем!

00:41 — fastp полезен
01:15 — установка fastp с помощью miniconda `conda install -c bioconda fastp`
02:05 — файлы RNA-Seq `wget -i readlist.txt`
03:26 — запуск fastp
03:33 — справка по fastp `fastp --help`
03:51 — входные файлы `-i/o` и -I/O`
05:30 — удаление коротких прочтений `-l`
06:19 — обрезка адаптера
09:54 — обрезка качества скользящего окна
14:09 — коррекция оснований `-c`
16:35 — обрезка полиморфизма `-g/G`
17:57 — обработка UMI `-U`
19:22 — перепредставленные последовательности `-p/P`
21:12 — чередование файлов парных конечных прочтений `-m`

fastp: сверхбыстрый Универсальный препроцессор FASTQ:
https://academic.oup.com/bioinformati...

fastp GitHub:
https://github.com/OpenGene/fastp

Примеры файлов:
https://github.com/ACSoupir/Bioinform...

Пожалуйста, рассмотрите возможность публикации на моём Patreon, где я могу делать мерч, собирать идеи для будущего контента и обсуждать другие темы:
  / alexsoupir